Текущее управление деятельностью Союза банков осуществляет Президент Союза банков, назначаемый общим собранием членов Союза банков на контрактной основе, сроком на 5 лет.

К компетенции Президента Союза относятся следующие вопросы:
1) организация выполнения решений Общих собраний Союза банков и организация правового обеспечения деятельности Союза банков;
2) организация привлечения средств для финансирования программ, проектов и мероприятий и т.п. проводимых Союзом по согласованию с Наблюдательным Советом Союза банков;
3) рассмотрение и внесение на утверждение общего собрания заявлений и предложений о принятии в Союз новых членов и выходе или исключении Союза банков;
4) координация деятельности филиалов и представительств Союза банков, утверждение их годовых отчетов;
5) определение условий оплаты труда специалистов, привлекаемых для обеспечения работы Союза банков, филиалов и представительств Союза банков, в пределах бюджета Союза банков;
6) принятие на работу и увольнение в соответствии с трудовым законодательством Кыргызской Республики сотрудников филиалов и представительств Союза банков, принятие к ним мер поощрения и взыскания, принятие на работу сотрудников по контрактам и договорам подряда;
7) издание приказов, распоряжений, выдача доверенностей;
8) формирование рабочих групп и временных творческих коллективов, привлечение квалифицированных экспертов (специалистов) для участия в разработке программ и проектов Союза банков;
9) открытие счетов Союза банков в банках, распоряжение имуществом и финансовыми средствами Союза банков, а также осуществление текущих расходов Союза банков в пределах утвержденного бюджета Союза банков;
10) заключение сделок и гражданско-правовых договоров, в пределах установленных настоящим Уставом;
11) действия без доверенности от имени Союза банков и представление его в отношениях с юридическими и физическими лицами в Кыргызской Республике и за рубежом.

Президент Союза банков вправе решать другие вопросы, связанные с деятельностью Союза банков, кроме отнесенных к исключительной компетенции Общего собрания и Наблюдательного Совета.